宁宗即位后，朱熹应召知漳州、潭州。后由宰相赵汝愚推荐，当上焕章阁侍制兼侍讲，即皇帝的顾问和老师。朱熹初次见宁宗，就大谈正心诚意、灭人欲存天理之道。任侍讲后，进讲《大学》。他借给皇帝讲课、亲密接触的机会，多次进札，对朝廷政务多有论议。朱熹又和吏部侍郎彭龟年弹劾韩侂胄，并在进讲时说宁宗被韩侂胄窃取权柄。朱熹的言论是否正确，可以仁者见仁智者见智，但可以肯定的是，宁宗没有唐太宗那样的胸襟，认为朱熹很烦人，讲的东西多不可用，当了46天侍讲的朱熹被免职了。权臣韩侂胄也借机公报私愤，陷害攻击朱子学为“伪学”，称朱熹的门人为“逆党”，朱熹被削职为民。宁宗下诏命凡荐举为官，一律不取“伪学”之士。“方是时，士之绳趋尺步，稍以儒名者，无所容其身。从游之士，特立不顾者，屏伏丘壑；以阿巽懦者，更名他师，过门不入。甚至变易衣冠，狎游市肆，以别其非党。而熹日与诸生讲学不休，或劝以谢谴走生徒者，笑而不答。”（《宋史？朱熹传》）。可谓情势十分紧张，人人自危，牵连颇广，朱熹的大弟子蔡元定，亦因被牵连而遭贬，结果死在贬所。这次事件史称“庆元党祸”。
朱熹的晚景与亚里士多德有些相像，都因为思想而遭到迫害。当时有人劝朱熹遣散徒众以避祸，但他仍讲学不辍。庆元六年（1200年）三月，卒于福建建阳考亭家中。他在逝世前两天，还在为弟子讲学，修改自已的著作，可谓鞠躬尽瘁，死而后已。当时的大词人辛弃疾闻朱子逝世，特填词致哀，词曰：“子云何在。应有玄经遗草。江河流日夜，何时了”。并作祭文，有：“所不朽者，垂万世名，孰谓公死，凛凛犹生！”之句，谓朱熹的著作会永远流传，朱熹的声名将永垂不朽。
朱熹一生，不是很喜欢做官，他登第50年，仕于外者仅9年，屡屡辞职，而将大部分时间与精力用于著书讲学，是继程颢、程颐兄弟而后理学的集大成者，一代宗师，南宋“闽学”的创始人。也是中国历史上著述最宏富丰赡的哲学家和学者之一，与亚里士多德有得一拼。据《四库全书》不完全的统计，朱子现存著作共二十五种，六百余卷，总字数在两千万字左右。
朱熹一生博学多识，研究领域颇为广泛，触角涉及到儒家经典的所有领域。如哲学、伦理、经学、历史、政治学、教育学、佛学、道教、易经、经济学、心理学、文字音韵、文学理论、训诂考据、典章尔律及自然科学等等，可谓博大精深，为当时集大成的学者。他的著述有近三十部之多，还有他的学生编的《朱子语类》、《朱子大全》等。主要作品有：《四书集注》、《论孟精义》、《资治通鉴纲目》、《八朝名臣言行录》、《上蔡语录》、《程氏遗书》、《西铭解义》、《太极图说解》、《通书解》、《程氏外书》、《伊洛渊源录》、《古今家祭礼》、《近思录》（与吕祖谦合编）、《论孟集注》、《或问》、《诗集传》、《周本义》、《易学启蒙》、《小学书》、《序大学章句及中庸章句》、刊行四经（《易本义》、《诗集传》、《书经》与《春秋》）、《孟子要略》、《楚辞集注》、《仪礼经传通解》、《韩文考异》、《参同契考异》、《书集传》、《楚辞注后语辨证》。
朱熹的著述包
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