，根据业务地区的不同，东印度公司总共被划分为五个分部，五个分部均围绕阿姆斯特丹总部进行商业活动。
东印度公司的投资模式与其他国家有本质上的不同，例如：葡萄牙在每次远航之前，只会筹集本次的航海经费。
东印度公司的股东们将资产长期储存在公司中，循环使用，并不针对某次航海进行募资。这种投资模式间接影响了后来的公司，比如米利坚商行。
叶向高这么了解荷兰东印度公司，是因为米利坚商行就是仿荷兰东印度而建，作为大明纳税第一大户，连皇帝都参股，不了解它，就不知对手底细，了解米利坚商行，最好了解荷兰东印度公司。
东印度公司有充足的资金，可以应对频繁的进行远航，东印度公司在南洋的总部，位于十五年荷兰占领的安汶岛。
荷兰人发现一点，与其不远万里通过好望角将商品输送到欧洲国家，就近将商品销售给位于印度洋上的其他国家显然方便许多，虽然，这样销售的利益远不及将货物输送到欧洲，但这种薄利多销的方式亦可积少成多，获取丰厚的利润。
荷兰人开始开辟了亚洲市场，此前荷兰人准备的货物无法满足持有大量名贵香料的亚洲人，为了解决这一现状，荷兰人干脆“空手套白狼”，将印度洋其他地区生产的粮食和衣物等普通商品销往亚洲，终于换到了珍贵的香料。随着公司的财力变得雄厚，荷兰人不再满足于当前的形势。
为了开辟更广阔的市场，东印度公司打算物色一个交通更便利的前线分部，于是，爪哇北侧的万丹进入荷兰人的视线。在十七世纪初，越来越多的华人来到万丹定居，该地区因对华贸易的兴起变得繁荣兴盛。
在当时，葡萄牙人的前线基地马六甲，**现象屡禁不止，许多位于当地的华人不堪忍受，最终选择迁居万丹寻求新的商机，在此消彼长中，万丹取代了马六甲，成为南洋上最大的货物集散中心。
然而，荷兰人经一番深思熟虑后，并未将万丹作为南洋总部的大本营，而是选择了声名不显的港口小城巴达维亚，荷兰人来到这座城市后，在此迈出了殖民经济最关键的一部，巴达维亚的建设，象征着东印度公司进入转型期。
此时的巴达维亚地区的河流交错纵横，与阿姆斯特丹别无二致。当然，想要开发这样一座殖民帝国，需要投入的人力和财力是无法估量的，东印度公司必须担负起治理巴达维亚的责任和义务，因此，东印度公司逐渐向政治实体转型。