安全性提出质疑，主持者表示ja比起eva五分钟的行动时间要安全得多。
随后主持者开始ja的启动试验在指挥中心的操控下，ja开始狐啊怒汉前进，但是没过多久ja体内的反应堆上是哪个，并且朝着指挥中心而来。
主持者下令切断动力系统，信号被拒绝接受。
ja开始变的无法控制它踩碎了指挥中心的屋顶一路朝着前方走去。
美里向nerv放松冷清秋紧急地将碇真嗣和初号机运送到现场。
同时美里本人也换上作战服，他准备前往ja内部手动将其停止。
主持者告诉美里，停止持续的密码就是希望。
初号机抓住美里，和追上了行进的ja并且顺利将美里送入ja内部。
之后初号机来到ja面前拦住她。
但是在输入密码程序以后却提示错误，美里面意识到程序已经被人改动过了。
动力堆距离临界点还差一点，美里决定放手一搏手动使用了控制棒。
最后危机解除。
碇真嗣说她创造奇迹。
但是美里说奇迹是早就准备好的。
美里带着碇真嗣和阿东等人来到上面，之后他们遇到了eva二号机的驾驶员明日香。
美里早就认识她，并介绍给了碇真嗣。
这次任务就是护送eva回到d市，舰长有些琼爱不起eva称为人偶偶并且拒绝蓝卡请求。
这个时候一个叫阿良的人走了进来。
原来阿良是美里的前男友，他的任务是陪伴明日香一起回去。
明日香找到碇真嗣，带他穿了红色的二号机。
她成零号机和出号只是原型机和实验机体，二号机才是为石渣能制造但
这个时候又有试图来袭，舰长组织反击，但是常规武器无效。
明日香带着碇真嗣换上了自已的作战服。
要求他陪伴自已一起进入，试图从水下攻击过来，而此时二号机只可以支持一分钟。
明日香跳到外面接通电源然后掏出离子刀，使徒将二号机拖入水中。
二号机失去了目标。
拖入使徒又出现了，二号机的装备在水下行动受到限制。
美里请求战舰沉入孩璃，如同宫钓鱼意义昂，链接在eva身上的缆绳开始回收。
战列舰和使徒越来越近，明日香和碇真嗣合作，总算消灭了使徒。
大家回到了d市，明日香转到了碇真嗣所在的班级。
和他成为了同班同学，她迅速的成为了焦点，每天都受到大量的情书。
碇真嗣带着她找到绫波丽。
明日香告诉绫波丽为了以后行动方便要和她好好相处。
而绫波丽回答，如果是命令的话就照做。
明日香有点尴尬。
这时候在海边又初夏那俩使徒，碇真嗣和明日香来到海边准备作战，使徒从海底冲浪出来。
明日香让碇真嗣做掩护自已冲向了使徒，将骑皮城来帮结果使徒击败了俩名eva。
n2地雷融合了使徒的一部分位置。
美里说要俩天合作一起进行攻击，来人开始协调训练，只剩下聊天训练。
最后发现碇真嗣和绫波丽配合很好。
明日香明白了什么某天美里外出屋里只剩下碇真嗣和明日香。
但是迷糊的他意外睡到了明日
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