备的舰载武器和船用工具数量都非常可观。
大发贡1门、大佛郎机6座、碗口铳3个、喷筒60个、鸟嘴铳10门、烟罐100个、弩箭500枝、药弩10张；粗火药400斤、鸟铳火药100斤、弩药1瓶、大小铅弹300斤；火箭300枝、火砖100块、火炮20个、钩镰10把、砍刀10把、过船钉枪20根、标枪100枝、藤牌20面、宁波弓5张、铁箭300枝、灰罐100个；大旗1面、大篷（船帆）1扇、小篷1扇、大橹2张、舵2门、椗4门、大索6根、小索4根（每根长18丈），还有火绳60根、绳10根、铁蒺藜1000个。
其中的“佛郎机”是明朝正德年间（16世纪初）由西方传入的一种新式火炮。
嘉靖二年（1523年），明政府在南京正式仿制佛郎机，称“大将军”。
这种火炮射速快，而且后座力小。正是这些火器，让大明舰船的战斗力大增。
在明朝时期，抗倭名将俞大猷根据多年海战经验所总结的海战战法就颇具近代海军战术思想，他认为“海战不过是以大船胜小船，以大铳胜小铳；以多船胜寡船，以多铳胜寡铳”。
这思路已经非常近代了，所谓“大船胜小船”则是用高大的福船“乘风下压，如车碾螳螂”犁沉敌船“斗船力而不在斗人力”，所谓“大铳胜小铳”则是比拼的火力强度，是以装备质量取胜的战法，属于西方“战列线”战法的主要思路，而明军火炮中“大铳”者为“重数千斤，发之声动数十里”的“大龙熕炮”，其“弹丸重量”和“射程”就已经诠释了明朝海军已经意识到牺牲射程扩大威力的战术思维。
1521年葡萄牙人已占据“屯门岛”附近若干年，由广东海道副使汪鋐，指挥的在屯门地区抗击佛朗机人发动的海战，史称屯门海战。
虽然初战失败，但是再战，则打得葡人大败。
天亮后，风向逆转，葡人才借强劲的北风勉强逃过明军的追击，逃回已窃据的满剌加。
至此，中国收回被葡人盘踞的“屯门岛”及经常滋扰的“屯门海澳”及“葵涌海澳”。
是中国第一次抗击西方殖民主义者的战役，以明朝的获胜而告终。
后来在1522年的广东西草湾，明朝水师与葡萄牙海军又发生了一场海战——西草湾之战，也是以明水师胜利告终，葡萄牙人逐渐放弃用武力迫使明朝开关贸易。
明朝万历二十六年十一月（1598年），在明朝万历抗倭援朝战争中，中朝两国水师同日本水师，在朝鲜半岛露梁以西海域进行的一场大规模海战，史称露梁海战。
最终全歼日本舰队，这次战役给侵朝日军以歼灭性重大打击，打得日本200年国力一蹶不振，对战后朝鲜200年和平局面的形成，起了重要的作用。
万历三十年，1602年，荷兰建立东印度公司，开始争夺东方殖民地。
天启二年（1622年），荷兰舰队占领澎湖，明廷下令福建巡抚南居益将荷兰人赶出澎湖，发动了澎湖之战。
但荷兰人的战舰封锁了漳州海口，明朝水师无法出动。
天启四年（1624年）2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军渡海出击收复澎湖。8月，明军兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。
明朝取得了澎湖之战的胜利，成功收复了澎湖。
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