还在承德当军机章京的时候，就与恭王有机密书信往来，为政变的成功立下汗马功劳，明显是奕欣安排在军机处的卧底。此时恭王论功行赏，就让他取代原来“肃党”的焦佑瀛，成了“打帘子军机”。最后就剩下一个沈兆霖，身份还算是比较“中立”的，不过背地里是不是奕欣的人也很不好说。
奕譞把果兴阿搀和进来的消息带回了北京之后，两宫和奕欣还真慌乱了一阵，但也很快稳了下来。等慈禧和奕欣对如何应该果兴阿已经有了成算，立即便以迅雷不及掩耳之势，开始了对七个“阶下囚”和一个在逃犯的彻底清算，一点也不拖泥带水。咸丰十一年十月初二日，肃顺还和果兴阿在河西务矫情的时候，慈禧和奕欣便谕令热河都统春佑，将肃顺在热河的财产“密速查抄”，“毋令稍有隐匿”，同时再传谕将肃顺“在京家产，著即派西拉布前往查抄，毋令稍有隐匿”，这还只是第一步。
第二天，就由内阁牵头，恭亲王亲自主持，召集六部、九卿、翰、詹、科、道，在宗人府开会讨论对顾命八臣的处置。载垣、端华、肃顺三人都系爱新觉罗家族的近支亲贵，也就是“宗人”，因此，若按律处置，这个会议应该有宗人府官员参加。但载垣被捕前是宗人府“宗令”，也就是皇族的族长，两宫和奕欣为“公正起见”，所以未令宗人府与会。
由于要处置的毕竟是大行咸丰皇帝临终顾命之臣，因此几乎所有当朝重臣都参与了这个“历史性”的会议。惟其如此，定罪和处分也久议不决。主要大概有两种意见：一种意见是主张持重，这部分人中有的是顾及祖制和大行皇帝遗命，因为无论八臣怎么跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝尸骨未寒，就要杀托孤之臣，不但于心不忍，而且也显得继位的嗣君丝毫不给皇考大行皇帝留余地，不是为继者之道。
有的则是念及为首的载垣、端华二人乃是世袭罔替的“铁帽子王”，符合朝廷“议亲议贵”之条，况且清朝开国至今，还没有公开杀“铁帽子王”的先例。当然也有人颇能对肃顺看法持平，认为他虽然狂悖跋扈、目中无人，但对朝廷的莫大贡献也是有目共睹的。尤其是他一手维持的、以曾国藩为统帅的湘军，刚刚从太平天国手里夺下长江第一重镇安庆。安庆是太平天国首都南京的最后一道屏障，夺回安庆，则打下南京也就是指顾间的事了。此正当肃顺功劳彰显的时候，却被处以极刑，难免会让局外人想起“兔死狗烹、鸟尽弓藏”的话来。也说不定就会寒了前方浴血奋战的湘军将领的心，再激出什么意想不到的变故，局面就真的不好收拾了。而且要处置顾命大臣这样的重臣，不征求曾国藩等前方重要疆臣的意见，也实在很难说得过去。更要命的是这里面还搅和了一个果兴阿，固安军陈兵京畿，随时都有可能动武兵谏，处置肃顺也不得不考虑果兴阿的态度。当然这样的意见，此时也只是腹诽而已，当此情势，是无论如何不能拿到桌面上去讲的，否则就会有“附逆”之嫌。总之这部分人是主张从轻处罚的。
还有一种意见则是主张对顾命八臣、尤其是对载垣、端华、肃顺三人，进行严厉处置。这部分人中大多数是不满肃顺等人的跋扈，当然也有些人是揣摩到慈禧太后和恭亲王有必欲置肃顺于死地的意思，“闻风希旨”
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